Die Teenage Mutant Ninja Turtles Raphael, Michelangelo, Donatello und Leonardo sehen sich mit einer noch größeren Gefahr konfrontiert: Diesmal müssen sie es nicht nur mit Erzfeind Shredder aufnehmen, sondern auch mit seinen mutierten Handlangern Bebop und Rocksteady sowie dem wahnsinnigen Wissenschaftler Baxter Stockman. Glücklicherweise steht den humanoiden Schildkröten weiterhin Reporterin April O'Neil zur Seite. Zudem finden sie einen Verbündeten in Casey Jones, der mit einem Eishockeyschläger bewaffnet auf Verbrecherjagd geht, in diese Rolle aber erst noch hineinwachsen muss. Mit der Zeit gewinnen die Turtles auch das Vertrauen der Polizeichefin Rebecca Vincent.